Die Schule des „in den Wolken versteckten geheimen Wissens“ wurde entweder von Iga Heinaizaemon no jo Ienaga um 1500 oder durch die Toda-Familie selbst um 1600 gegründet.
Die Kumogakure Ryu weißt ein sehr ähnliches Taijutsu auf wie die Togakure Ryu, sieht Gewalt aber als generell vermeidbar an. So ist es Methode, möglichst mit dem Strom zu schwimmen und sich Situation und Umgebung anzupassen. Es werden Techniken zum Überleben in der Wildnis gelehrt, so z.B. wie man auch bei schlechtem Wetter Feuer macht und spezielle wasserresistente Fackeln herstellen kann.
Bevorzugte Waffen dieser Schule waren der Kamayari, ein Speer mit zwei Haken, mit dem man Gegnern das Schwert entreißen oder Wände hochklettern konnte und das Ippon Sugi Nobori, ebenfalls ein Kletterwerkzeug. Es wird im Densho der Ryu von einem Ninja namens Sarutobi Sasuke berichtet, der sich mit diesem Speer, einem Affen ähnlich von Baum zu Baum geschwungen haben soll. Die Kleidung der Ninja dieser Schule unterscheidet sich von der anderer Schulen vor allem durch die gepanzerten Ärmel und die zur Täuschung und Einschüchterung des Gegners genutzten Dämonenmasken.