Die von Takamatsu gelehrten und von Hatsumi im Bujinkan vereinten Kampfkunstschulen haben jede für sich eigenen Hintergründe, Geschichten und Prinzipien, die jede für sich unterschiedliche Einflüsse auf das Bujinkan haben.
Unter anderem wegen der vielen technischen Gemeinsamkeiten der einzelne Schulen und der hohen Komplexität des daraus entstehenden Gesamtwerkes, werden die Grundlagen dieser Ryu einheitlich im von Hatsumi benannten Ten-Chi-Jin-Ryaku-no-Maki („Das Buch von Himmel, Erde und Mensch“) zusammengefasst und in den Dojo gemeinsam unterrichtet.
Jede Ryu („Schule“, „Lehrtradition“, „Stil“) hat für sich ein Soke, der als oberster Lehrer die Inhalte bewahrt und weiterentwickelt und deren Weitergabe fördert. Dieser Titel wird hauptsächlich innerhalb einer Familie weitergegeben (daher auch die Übersetzung „Familienoberhaupt“).
Wie bereits erwähnt wurden die Ryu des Bujinkan nicht erst von Takamatsu zusammen geführt, sondern wurden teilweise schon unter früheren Soke vereinigt. So waren die Überhäupter der Toda-Familie, aus der Takamatsu stammte, bereits seit dem 17. Jahrhundert Soke der drei im Bujinkan enthaltenen Ninja-Schulen.
Noch älter ist die Verbindung der Gyokko Ryu und der Koto Ryu, die, aus China stammend, stets zusammen unterrichtet und weitergegeben wurden. Nach Japan kamen sie durch Ikai, in China Cho Buren genannt.